O grupo de Ecologia começou em 1975–1976, dentro do Departamento de Biologia Vegetal, com o Mestrado em Ecologia, um dos primeiros do Brasil, que tirou conceito A na Capes em 1984 e 1986. O departamento foi pedido em 1979, 1981 e 1987 e criado em 1989, com 22 professores.

É referência em ecologia do fogo, ciclos de carbono e nitrogênio, nutrição mineral de plantas nativas do Cerrado, limnologia e conservação, com projetos ligados ao Programa LBA e a políticas públicas para o Cerrado.