A Fitopatologia começou em 1967, com a chegada de Armando Takatsu, e ganhou força a partir de 1971 com José Carmine Dianese, que trouxe colegas da Universidade da Califórnia (Ming-Tien Lin, Hasan Bolkan e Chaw-Shung Huang) e o virologista Elliot Watanabe Kitajima. O mestrado começou em 1976 e o doutorado em 1991; o departamento nasceu em 1989.

O levantamento dos fungos do Cerrado já descreveu mais de 120 espécies e cerca de 20 gêneros novos, e a Coleção Micológica reúne cerca de 23 mil espécimes. A pós-graduação é a única da área no país a ter contado com dois Fellows da American Phytopathological Society.