O Núcleo de Educação Científica nasceu em 2003 para cuidar da formação de professores na Licenciatura em Ciências Biológicas. Seus docentes são biólogos com experiência no ensino de ciências e respondem pelas disciplinas de metodologia de ensino, estágio supervisionado e pesquisa em educação científica, além de História e Filosofia da Biologia.

Desde 2007 o núcleo participa do Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências, com os institutos de Química e de Física. Coordenou a Semana Nacional de Ciência e Tecnologia no campus em 2004 e 2005, organizou um ciclo de palestras sobre Darwin em 2009 e, em 2010, o workshop internacional DynaLearn, sobre inteligência artificial e educação.